Couper séparément tous les légumes lavés en petits dés. Peler et émincer les oignons et l’ail.
Dans une casserole, faire revenir le poivron dans un peu d’huile d’olive pendant environ 5 min, ajouter ensuite les oignons puis les aubergines.
Au bout de 5 min, rajouter la courgette, l’ail et la tomate avec un peu d’eau. Faire cuire encore 5 min.
Saler, poivrer et ajouter le thym puis retirer la ratatouille du feu. Laisser refroidir.
Pour l’appareil à muffins :
Mélanger la farine avec la levure chimique. Ajouter les œufs, l’huile, le lait et l’origan. Mélanger (au robot ou à la force des bras) jusqu’à obtenir un appareil bien lisse. Saler et poivrer.
Ajouter la feta en gros morceaux et la moitié de la ratatouille. Incorporer délicatement.
Remplir à moitié des moules à muffins avec la pâte puis recouvrir chaque empreinte du reste de ratatouille.
Parsemer de thym et enfourner dans un four préchauffé à 180 °C pendant environ 20 min.